前總統馬英九對於蔡政府的防疫相關政策有過許多指教，例如是否該禁止口罩出口，或是武漢撤僑包機該如何處理，還表示「兩岸不存在國籍問題」，呼籲蔡政府在撤僑包機的決定上能退一步，讓滯留當地的國人和陸配子女能夠盡速回來，屢次引發各界爭議。
馬英九時期的2位衛生署長先後對這位昔日長官提出不同看法，葉金川曾在廣播節目中要馬「少說點話」，希望馬不要干擾到防疫工作；楊志良也說，他和葉金川的共識就是：「馬英九是好人，但不適合當總統。」
2位昔日部屬雖然說得委婉，但態度相當強硬，馬英九今日出席228紀念活動時被問及此事，他表示，葉金川是他擔任台北市長時的衛生局長，也是總統任內的衛生署長和府祕書長，2人交情將近50年，葉說不要干擾疫情沒有錯，「但關鍵問題，例如兒童的人權，該講的還是要講。」
至於楊志良稱他「不適合當總統」，馬冷回道：「他怎麼現在才知道呢？呵呵。」馬稱讚2位衛生署長都當得不錯，楊志良曾對二代健保和美牛問題都提出很好的建議，「但他們對我的發言有滿多的誤會，我並沒有去干擾指揮官指揮疫情。」他強調，在中國大陸許多陸配子女，有台灣居留權，也有中華民國的國籍，現在沒辦法回台灣，可是在台外僑，卻可以從中港澳回台，他認為相當不公平，有歧視之嫌，「身為前總統，該講的話還是要講。」
