針對投訴人的質疑，高公局表示，金門大橋係屬海事工程，與一般陸地工程之作業性質有所差異，在施工進度的計算，是針對施工程序中已完成之工項列計進度，經查2月份工程進度，大橋之基礎、墩柱、橋塔均已完成，376塊預鑄節塊全數生產完成之外，主橋亦已完成2跨上部結構預鑄節塊之吊裝，並同時展開路面護欄施工作業，其工程進度與實際相符，並無黑箱作業之情形。
高公局另指出，有關民眾投訴估價表顯示已請款96.11％，經查為工程實際進度，非工程估驗計價進度，應屬民眾誤解。
至於工程展延理由事宜，高公局表示，套管改善案，屬前標廠商施作基樁外套鋼管之瑕疵，因前廠商違約遭終止契約，故由接續工程廠商辦理改善工作，該工作非屬該公司契約工項，但因影響接續工程主邊橋要徑作業施工及資源調度作業複雜耗時，因此依契約相關條款規定，對於廠商因修正前標廠商瑕疵所衍生的工期給予展延。
