邱顯智指出，國安會祕書處長屬於涉密列管人員，要出國必須取得核准。今年過年期間，他計畫帶家人到馬來西亞，事前獲長官核准在1月22日至26日出國。
然而該處長預計搭乘的班機是1月22日零時15分，登機前1個多小時，也就是1月21日的晚上10點至11點，他準備出關登機時，被發現他是列管人員，要等到1月22日才能出境，因此無法順利通關。該處長不滿遂與現場人員發生爭執，還傳出他對基層人員拍桌咆哮。
當時移民署國境事務大隊大隊長正在現場巡視，經大隊長協助處理後，讓該處長於11點40分登機，並囑咐現場人員在護照上蓋1月22日的出境章，等到凌晨12點過後，再將出境資料輸入電腦。
邱顯智質疑，「明明核准出境日是1月22日，為什麼在1月21日晚間就放行？」「預先蓋上隔日的出境章，等到時間跨越22日系統解除限制，才將出關資料輸入電腦，可以這樣做嗎？」此外，該班飛機實際的起飛時間比預期提前了22分鐘，也就是在1月21日23時53分就離開閘口起飛，「國安會與移民署知道嗎？」
邱顯智痛批，「這不是耍官威，什麼才是耍官威？這不是搞特權，什麼才是搞特權？」要求國安會與移民署立即啟動行政調查，徹查違法提前出境，並呼籲監察院主動介入調查。
總統府發言人林聿禪回應表示，該員為國安會行政工作的事務官，屬於出境管制人員，經申請核准於1月22日出境，但因航班起飛時間為22日凌晨12時15分，他在21日晚上10時左右出關查驗時，尚未到核准出境時間（22日），未被放行，因此與工作人員爭執，後續經過協助，於22日凌晨出境。林聿禪說，儘管這名事務官出、入境都依照申請起迄時間辦理，但因溝通不當，產生誤會，國安會除將依規定處理、檢討外，也會向相關單位及負責人員表達歉意。
不過邱顯智並不滿意這個說法，認為是避重就輕、打官腔；王婉諭也說，總統府真的有掌握事實嗎？強調班機在1月21日晚間11點53分就離開閘口，比預期時間早，顯然不符規定，直指府方回應扭曲事實、官官相護，也懷疑不是單一個案。
