位於台北市北投區的台北捐血中心大樓，1997年由血液基金會購地興建，占地1700餘坪，可視為全國捐血中心的旗艦級總部，市值逾8億餘元；高雄捐血中心大樓占地達2500餘坪，是基金會中樓地面績最大的捐血中心，房地市值近3億元；基金會的現金存款等流動資產及設備則約有24億餘元。
台灣百合正義聯盟指控，從國民黨蔡培火、何應欽等過去政要擔任捐血運動協會理事到前副主席吳伯雄、葉金川擔任血液基金會要職的脈絡，可推論血液基金會長期由國民黨勢力壟斷台灣的捐血事業，政府對資金流向也放任不管，任由血液基金會將收入用來買屋置產，不免讓外界有「賣血買屋」的聯想，呼籲政府介入調查並收歸國有，以利血液基金會透明化。
主管台灣血液基金會的衛生福利部醫事司指出，依據《醫療機構設置標準》規定，並未限定捐血中心僅能由台灣血液基金會獨門經營，只要是符合《醫療機構設置標準》中所規定的公立醫療機構、醫療財團法人資格，均可設置捐血中心。
但目前國內並未有第二個捐血中心，醫事司指出，血液基金會每年都有將財務報表送交衛福部核備，至於基金會是否應將收入用以更新設備？能否購買房產？基於財團法人自治的原則，只要符合法律規定，對於血液基金會的資金運用情形，政府不會介入太多，如此監督稽核機制行同虛設。
