檢方認為，蘇永欽的見解意即使外力「對於繫屬中的案件完全無介入司法的空間，考量其為偵審的核心領域，非如此實連獨立的外形都難以維繫」，應無庸懷疑。也就是偵查中案件，馬英九貴為總統亦不得插手干預。
此外，馬英九曾叫前檢察總長黃世銘到行政院向當時的閣揆江宜樺專案報告，江宜樺不像馬英九，並未交出黃世銘提供的紙本報告內容，但黃世銘證稱，原本就不想向江揆報告，是馬總統要他去行政院報告，檢方也根據高院有關黃世銘有罪判決也發現，江宜樺對偵查中案件並沒有指揮監督權限，馬英九卻要求黃世銘向江宜樺報告的行為，因此認定馬英九涉及教唆洩密。
檢方認為，總統是憲法上之機關，負有「憲法機關忠誠」義務，職權行使並非無限上綱，應符合權力分立與制衡原則，不得侵害人民之基本權利，竟逾越司法與政治應有分際，無故洩漏及教唆洩漏偵查中秘密、監察通訊所得應秘密資料及將柯建銘個人資料，侵犯人民之基本權利，犯行明確。
