不過，意見書內文提到「總統不是公務員法的公務員」「馬英九洩密給江宜樺，是在幫立法院與行政院行使調解權」「行政院長若涉及刑案，總統也可請檢察總長向行政院長報告案情，讓行政院長決定是否請辭」，由於吳庚等人是憲法大師，此話一出，頗讓檢方訝異。
有鑑於吳庚的地位不同凡響，所寫的法律意見書可能對於法官具有關鍵性的影響力，檢察官強力主張，希望由法院另行指定公正客觀的專家學者，對於總統是否有權知悉或公布偵查中司法案件內容來進行鑑定。
但馬英九的律師團認為大法官釋字文意已明，不用再送鑑定，就算法官不把吳庚等人的法律意見書列為證據也沒關係，但檢方強調並非要針對大法官釋字內容做鑑定，既然辯方同意不做為證據，何必大費周章找來前大法官出具法律意見書，雙方唇槍舌戰，激烈攻防，最後法官採辯方意見，認為無罕見法學領域需鑑定，駁回檢方聲請，案情發展似乎對馬有利。
