當特偵組傳訊中影會計師林寬照時，便已掌握中影遭賤賣可能涉嫌背信的重大證據，按理應積極偵辦，特偵組卻放著關鍵證據不用，還在敏感時刻將全案簽結，引起外界質疑放水包庇。
最可議的是，馬英九提名顏大和接任檢察總長，顏在2014年4月底經立法院同意接掌最高檢察署，但出任3個月，便把特偵組偵辦近8年的三中案，於7月31日簽結，但第一時間並未對外宣布，而是選在高雄發生氣爆，全國陷入哀痛之際，在8月4日召開記者會對外公布偵結，大有藉國難掩人耳目之嫌。
雖然當時正逢九合一選舉逼近，特偵組強調，辦案絕無黨派或案件以外其他任何考量，一切依證據為本，依法辦理，不過，當時民進黨痛斥特偵組用氣爆國難護航國民黨不當黨產，質疑全案見不得光。
加上特偵組在2013年9月政爭，扮演馬英九的「政治打手」，公信力全失，也有學者認為特偵組選在年底大選前夕，和全民關注高雄氣爆時簽結，心態可議。
