陳弱水在2004至2006年擔任李遠哲的特別助理，在遴選進入白熱化的階段，校內盛傳他是李系人馬，即使已經是十多年前的往事，依舊被拿出來檢視，也讓陳弱水倍感困擾。知情人士透露，陳必須仰賴中研院派的票數才能勝出，不可能切割與李遠哲的關係，李遠哲光環成了他的二面刃。
親李遠哲人馬操盤時，連陳弱水太太、台大歷史系教授周婉窈的鮮明色彩都拿出來檢視。周婉窈曾在馬政府執政後期，重砲轟擊教育部微調課綱違法、黑箱，大學時還曾跟著郭雨聲祕書陳菊一起發傳單，一度遭情治單位監控，這個背景如今反被視為爭取民進黨執政下，教育部官派委員支持的最佳利器。
陳弱水雖然氣勢旺，但也不是沒隱憂，遴選委員個別面談時，陳弱水更被醫學院的代表直接問及：「外界對前校長傅斯年的人文精神過度的吹捧，同為史學家怎麼看？」讓在場的其他遴選委員感到驚訝，事後這段問答更被解讀為醫學院對陳並不放心，台大校內勢力最大的醫學院最後關頭可能不會挺陳弱水。
不過，陳弱水過去為了台大校門口旁的人文大樓案，與台大教授張小虹多次筆戰，曾在校內獲得不少老師的支持，當時的校長楊泮池多次與陳並肩合作，楊泮池雖因論文風波不續任，但是在醫學院的影響力依舊不容小覷，據傳陳已找上楊幫忙，但楊是否能影響醫學院不挺陳的態度，將是陳弱水能否勝出的關鍵。
