根據立法院通過的勞基法修法，加班費經勞資雙方同意可換補休，林美珠表示，勞工發生加班事實時，以領取加班費為原則，換取補休為例外，也因為是例外，因此是要由勞工提出需要補休，資方不能單方面說給補休，時間也由勞工來排定。
林美珠強調，施行細則會有相關規定，休息日換補休，必須在當年度結清，若年度未休完就要給予加班費，避免出現休不到也領不到的狀況。
林美珠對於勞基法修法後，勞動部未來將會採取四項作為，分別是：
一、落實修法意旨，保障勞工權益，包含研擬相關法令及配套措施，以落實法律的執行。例外情形的把關機制，勞動部會與各目的事業主管機關在修正條文施行前完成整備。
二、針對中央部會所屬國營事業單位與機構、所轄產業園區內的事業單位（如工業區、加工出口區、科學園區），優先輔導勞資會議之運作；將請各地方政府盡速對轄區內未召開勞資會議的事業單位，發出限期成立勞資會議「催設函」。
三、積極執行勞動條件監督檢查，特別針對國公營事業及涉及公共安全之交通運輸業、醫療院所等採輪班制者，優先實施專案勞檢。
四、建置線上備查系統，供事業單位及地方政府完成備查程序，勞動檢查機關亦能充分掌握適用例外狀況的事業單位，作為勞動檢查輕重緩急的重要參考依據。
