對於陳師孟點名陳水扁等案，邱忠義法官則說，政治案件可由國民法官來參加審判，才不會讓司法人員陷於永無寧日的輪迴裡，避免有人以正義之名無限迴圈地公然干預司法。
邱忠義法官在《我國妨害司法公正罪再建構》博士論文中指出，我國目前對於偽證、誣告、妨害公務等罪定有刑責，但對於以騷擾手段妨害司法公正、及以強暴、脅迫、恐嚇、賄賂、詐騙、不法關說執法人員的妨害司法公正行為的規範，卻都付之闕如，有必要制定相關規定。
《我國妨害司法公正罪再建構》論文指出，美國法律規定，以恐嚇、威脅、不法勸說或詐欺手段妨害司法公正罪都將面臨刑責，依聯邦法典第1503、1512條等規定，最重可以處10年徒刑，美國對於保護法官及官員的「家屬」免受威脅及暴力行動及保護法官和官員不受威脅與保護卸任的法官、卸任官員及其家屬不受威脅和暴力行為的報復，都有明確規範，對涉犯者處以3年、10年不等刑責。
邱忠義法官在論文中指出，國內多數民眾卻對妨害司法公正行為感到極為厭惡，此問題若不能解決，民眾自然會對司法公正性的信賴產生動搖。交大法學教授林志潔對陳師孟的發言，則以「這不是妨害司法，什麼是妨害司法？」為題撰寫專文，指陳師孟的言論雖未達恐嚇罪程度，但也絕對符合外國法令妨害司法定義，呼籲政府速完成相關立法。
