馬英九進入法庭後表示，檢察官上訴沒有理由，「我無罪」。針對遭控在2013年8月31日將特偵組偵辦立委柯建銘涉嫌關說司法案的祕密事項外洩，馬英九強調，當時是立法院長、在野黨立院大黨鞭、法務部長、高檢署檢察長涉及集體關說司法個案，他必須進行處理。
馬英九認為，自己是基於中華民國《憲法》賦予總統的責任，總統必須面對並處理即將發生的政治風暴，他才請行政院長江宜樺及總統府副祕書長羅智強共同會商解決之道，是憲法2位最高行政首長之間的商議，他並未對外公開關說案的任何資訊，當時是以最大限縮、最小侵害態度審慎處理危機。
檢方則認為，馬英九明知案偵仍在偵查中，卻將偵查機密外洩，犯意與犯行明確，應判有罪，此外，檢方也認為，若總統的行政特權及於犯罪偵查資訊，將是總統擴權，等同總統可有偵查權，後果不堪設想，檢察官認為，同一案件中，洩密共犯前檢察總長黃世銘已遭判有罪確定，但一審誤引《憲法》「院際調解權」，並悖於明確事證及高院認定的前檢察總長黃世銘是受馬教唆的事實。
柯建銘則說，此案有三大意義，涉及我國憲政要重建、民主要轉型正義，司法要改革等大事，柯建銘強調，馬英九毀憲亂政，以總統身分操作司法、破壞憲政體制，應終結特務治國，此案絕對是轉型正義必須處理的指標案件，事關司法能否獨立、得到人民信賴，他對高院判決深具信心和期待。
