馬英九說，整個事件的發展非常離譜，教育部如此的違法濫權，踐踏《大學法》「大學自治」和「依法行政」的精神 。今天教育部對台大可以這樣，對其他學校也會這樣，大學教育要怎樣過的下去，這是全體國人的課題，不只台大而已。
針對教育部長吳茂昆說「學術沒有真正的民主」，馬英九表示，再這樣硬拗下去 ，台灣真的沒有前途了，即使近百年前的北洋政府都沒有這麼專斷跋扈，我們這個政府怎麼可以這樣？而且政府裡這麼多台大校友，他們怎麼做得出來？
管中閔準備連署促教育部退出政治干預，並上訴要求釋憲。馬英九說，教育部用這樣的方式不止打擊管中閔，而是踐踏制度、傷害價值，這是最不可原諒的一點；教育部有違法的地方，上訴是管的合法權利。
