此次普悠瑪事故傷亡嚴重，台鐵先前表示是因為駕駛員並未通報關閉ATP又超速才惹禍，但是行政院調查小組在比對通聯紀錄後發現，駕駛確實有通報已關閉ATP。
在台鐵工會提出的當日完整通聯紀錄中，更發現尤姓駕駛一路求助43分鐘，並在當天4點16分，當列車抵達宜蘭大溪站時，就因列車動力異常，司機員重新啟動集電弓，就未再開啟ATP。直到事發前2分鐘，司機員主動提起「現在變成ATP關起來」，調度員也回覆「關起來會好嗎？」
吳宏謀中午出席行政院院會後記者會時表示，已經特別提醒台鐵，應全力協助行政院調查小組跟檢調調查，而不是用不成熟的資料或個人判斷對外發布。並說「凡走過必留下痕跡，已對相關證據保全做妥善處理，希望行政調查與檢調偵查能讓真相水落石出。」
但是行政院調查小組召集人政委吳澤成也表示，台鐵與政院調查小組的說法可能有時間上的比對問題，因為調查小組是看到當日下午4點48分，也就是事故前2分鐘的對話紀錄，當時司機回報ATP是關閉狀態，這跟先前台鐵解釋司機在之前沒有回報，好像不是指同一個時間，調查小組將繼續釐清案情。
