本次公投第9案主文為「你是否同意政府維持禁止開放日本福島311核災相關地區，包括福島與周遭4縣市（茨城、栃木、群馬、千葉）等地區農產品及食品進口？」共獲得779萬同意票，是10項公投中同意票數次高者。
根據《NHK》報導，日本外務大臣河野太郎在出席參議院外交防衛委員會接受質詢時表示，對於這樣的結果非常遺憾，未來會考慮所有應對的可能性，包括持續積極地以科學證據和台灣溝通，也不排除向WTO提出爭端解決程序，日本駐台代表沼田幹夫，日前也曾對公投案結果發表聲明，表示雖然遺憾，但為了避免此問題再被當作工具傷害日台友好，他將繼續努力讓台灣理解日本食品的安全性。
郝龍斌則表示，反核食公投共有779萬人投下贊成票，這是台灣人民意志的展現，而我駐日代表謝長廷也表示，公投是民主政治，大家共同承擔後果，也共同解決問題，代表處將全力配合政策。
