檢方指控馬英九將偵查機密外洩給前行政院長江宜樺，馬英九認為這是行使《憲法》賦予總統「權限爭議處理權」，一審獲判無罪，高院不認同一審見解，認定馬英九案發時雖是總統但已觸法，去年逆轉改判馬英九有期徒刑4個月，可易科罰金12萬元；仍可上訴。
馬英九認為，自己是基於中華民國《憲法》賦予總統的責任，總統必須面對並處理即將發生的政治風暴，他才請行政院長江宜樺及總統府副祕書長羅智強共同會商解決之道，是憲法兩位最高行政首長之間的商議，他並未對外公開關說案的任何資訊，當時是以最大限縮、最小侵害態度審慎處理危機，若在有憲政危機時，檢方卻說不能總統與行政院長討論，難道要總統回家睡大覺嗎？
馬英九遭控在2013年8月31日，將特偵組偵辦立委柯建銘涉嫌關說司法案的祕密事項外洩，檢方起訴後，一審台北地院認定，馬英九針對司法關說案，將偵查機密告知前行政院長江宜樺及總統府副祕書長羅智強，但這是屬於《憲法》第44條行使「院際調解權」範圍，判他無罪，上訴二審後判有罪，最高法院今撤銷有罪判決，發回更審。
