如此離譜的情形，教育部去函台大，直指「林中天案」違反教師法14條，要求處理，但台大完全不甩，為此，立委黃國昌質詢教育部次長林騰蛟時，痛批台大以「大學自治」為由包庇罪犯，教育部被洗臉，卻唾面自乾。
黃國昌去年底在總預算審查時，質詢教育部次長林騰蛟，他抨擊林中天案是一個明顯的犯罪行為，但教育部官員卻跟他說，台大回覆說，這件事情沒有違反教師法第14條的問題。黃國昌質疑：「難道這就是教育部的立場嗎？台大可以用『大學自治』來包庇一個詐領公款，讓刑事犯罪被認定的教授，可以繼續任教？」
黃國昌怒批：「做為台大校友、曾經當過該校兼任教授，我感覺非常羞恥，完全看不下去！」他厲聲質問林騰蛟：「難道教育部要告訴全國的教授，Go ahead（去吧！）去貪汙吧，去詐領公款吧，因為我們不會對你採取什麼樣的行動！沒有教師法第14條的問題」。
但即使黃國昌話都說得如此嚴厲了，林騰蛟還是說：「老師有沒有違反教師法，依照大學法『大學自治』精神以及教師法，係由學校教評會認定」。氣得黃國昌大罵：「台大很大！是我國學術龍頭，大到台大教授貪汙詐財都沒關係，我台大還是要聘！你教育部就是拿我台大沒皮條」。
除了教育部，黃國昌也認為科技部有責任，因為林中天貪汙詐財的案子，是科技部的計畫，應該要有相關停權處分，但卻沒有！而科技部長陳良基也覺得很誇張，所以下令成立一個小組調查，但不知為何，這個小組卻無疾而終。
黃國昌強調，連貪汙詐財處分確定的醜聞，都可以官官相護，交相包庇，大事化小，小事化無，那以後大家有樣學樣，反正只要你後台夠硬，有靠山，不管是在台大內部，在教育部，在科技部，通通有人可以讓你把這個問題都處理掉，台灣的學術風氣肯定敗壞到底，學術紀律與風骨將蕩然無存。
