由於帳目上僅剩的4,000萬元，遠低於預收流通在外的機票款約2.3億元，也低於每月應給付的員工薪資5,000萬元，可見現金流動不足，短期償債能力風險高，一旦有風吹草動，不但無法履約保障旅客權益，連發薪水都可能有問題。
第2個缺失是向合庫銀行融資的22億餘元，及自有的9億元資金貸給張綱維擔任負責人的樺壹租賃公司，明顯有財務風險，會計師稽核發現後，重編遠航財報，並出具「繼續經營假設存有疑慮」查核意見，明確揭示遠航「營運資金似顯不足…帳列其他應收款與關係人金額高達31.1億餘元，其能否繼續經營仍需視其他應收款與關係人款項回收狀況而定。」
第3個缺失是民航局稽核發現，遠航在2016年4月27日董事會決議，向張綱維擔任董事長的關係人樺福及樺富二公司，購買淡水小坪頂105戶房屋及106個停車位，雙方完成簽約後，遠航先付3,500萬元土地款給張綱維的2家公司。
同年8月，遠航又將該不動產提供給合庫銀行作為長期借款的擔保品；隔年3月29日與樺福公司協議解除契約，當時卻未收回價款。
該筆交易疑點重重，遠航靠這些不動產貸款了多少錢？解約後是否拿回3,500萬元土地款？由於遠航後來下市，無法窺見財報內容，是否涉及不法？有待檢調釐清。
第4個缺失是財務不穩，根據2016年遠航財報的資產負債表，公司現金為1億1千餘萬元，遠低於「預收票款」2億9千多萬元，差距1億多元，民航局多次警告，現金流量不足將對飛航安全造成潛在風險，一旦張綱維財務出狀況，遠航無資金可調度營運，可能隨時停飛，屆時流通在外未使用的機票恐成廢紙，嚴重影響消費者權益，多次要求遠航須補回借給關係人的鉅款。
不過，遠航表示，借款關係人22億元案已呈報民航局說明並結案；此外，遠航每月消保專戶內的流通機票款金額均達民航局規定，每月資金檢核亦皆符合民航局要求，絕無外界所傳財務吃緊問題。此次是因配合主管機關飛時限制，取消5月部分航班，6月起航班將正常營運。
