台北地檢署聲明如下：
一、本署偵辦本案秉持兩大原則三個方向，兩大原則指「毋枉毋縱」、「寬嚴並濟」；三個方向指查明「有誰買菸」、「錢哪裡來」、「誰該負責」。
二、該文所言：「大案小辦」，無中生有且與事實不符，本案9位檢察官及數十位檢察事務官、調查官，日夜偵辦，備極辛勞，起訴書計147頁，所調查的範圍涵蓋各階層，鉅細靡遺。在押被告之辯護律師，亦有曾任檢察官之職務者，如此眾多人員參與，眾目睽睽之下，何人能一手遮天？況「自由民主永續之旅」所有購菸名單，已由檢察官全部查明並公諸於世，該文所謂極盡迴護云云，不知所指為何？實為無中生有。
三、本案係依菸酒管理法主管機關「國庫署」、「關務署」之函釋見解認定：不構成菸酒管理法輸入私菸罪。該文內容顯有不實，菸酒管理法主管機關財政部「國庫署」108年8月8日台庫酒字第10803033440號函回復本署謂：菸酒管理法第45條第2項所謂「輸入」，係指自「國外」輸入「國內」，如係在國內各地運輸或自國內輸出或自國外輸入等情形，則屬同法第46條第1項之「運輸」等語。
財政部「關務署」108年8月12日台關稽字第1081016656號函回復本署謂：由「保稅區」載運至「課稅區」，依據關稅法第58條立法意旨，存入保稅倉庫之進口貨物，實際上已進入「國境」，僅該貨物處於保稅狀態，貨物由保稅區載運至課稅區仍必須報關依進口程序辦理。本署依主管機關對其主管法規所為解釋而適用法律，本案菸品係由我國領土內之保稅倉庫，將菸品搬上公務貨車駛出C3管制門課稅點，並非由「國外」「輸入」國內之行為，故不構成菸酒管理法第45條第2項之輸入私菸罪。
綜言之，本案菸品雖屬「私菸」，然因俱在「國境」內，故不成立輸入私菸罪。該文所指「關務署」被本署「打到臉腫」云云，完全與事實不符。事實上，菸酒管理法第45條第2項之輸入私菸罪刑度為3年以下有期徒刑，稅捐稽徵法第41條以不正當方法逃漏稅捐罪之刑度則為5年以下有期徒刑，一行為同時涉有2法者，於刑罰並無影響，該文對2法做無謂之比較，迺無益之舉。
四、起訴書係認被告等人逃漏「菸酒稅」、「健康捐」及「營業稅」，不包含關稅。該文所述內容顯有錯誤稅捐稽徵法所稱稅捐，指一切法定之國、直轄市、縣（市）及鄉（鎮、市）稅捐，但不包括關稅，該法第2條定有明文。本案吳宗憲等人載運9,797條菸品駛出C3管制門課稅點，總計逃漏「菸酒稅」、「健康捐」及「營業稅」共計587萬3,984元，檢察官起訴書所指之違反稅捐稽徵法，自始未包含「關稅」在內。該文刻意誤導民眾，顯有不當。
五、三中案事證明確，該文所指與三中案有關之敘述與事實不符，三中案係因資深國民黨員及黨產會等告發而分案偵辦，檢察官依法搜索並查扣三中案會議全程錄音帶及相關證人之供述證據，始行起訴，被告馬前總統等人所造成之相關損害高達72億9,174萬9,716元。被告面對相關證據之調查，亦不否認錄音帶的真實性，由全盤否認案情，轉變為行使法律上保持緘默之權。更不可思議地，國民黨中投公司竟已預見日後必有相關訴訟，事先預置6千萬元作為訴訟基金。凡此種種，均顯見檢察官偵辦三中案確屬有據。
六、本署偵辦三中案堅守偵查不公開原則，案情從未透露給任何媒體，三中案迄今十餘年，黨營事業及國民黨員握有三中案相關資料者頗眾，渠等均有向媒體透露相關案情之可能。事實上，偵辦三中案期間若干媒體的報導，均未曾向本署查證，亦與本署無關，本署前已於106年12月1日、12月8日、12月13日、12月20日、12月22日、12月29日、107年1月3日、4月11日、4月23日、4月25日、4月27日11度發布新聞稿澄清，被告馬前總統之前明知此事，無中生有誤導民眾，無端指責本署「違反偵查不公開，不斷放話給媒體」，「選擇性地散布偵查三中案的細節」云云，該文不察誤引上節，顯未經求證。
七、本署請外界勿做無謂之揣測，打擊士氣，干擾第二波偵查，本署一般刑案工作負荷已極為沉重，日前檢察官偵辦本案，頗多被告原不承認犯罪事實，係因檢察官比對金流查獲，耗時耗人過程艱辛。同仁偵辦本案日夜加班，已以最快速度查明第一階段案情，公諸於世，請外界勿做無謂之揣測，打擊士氣，干擾第二階段偵查。
