「少了特勤中心，國安局就少了一筆預算，也失去了一個能跟總統直接聯繫的管道和窗口，國安局長未來就很難『上達天聽』。」知情人士補充說。
事實上，《特種勤務條例》第八條雖規定，特種勤務任務編組由國安局長擔任指揮官，國安局特勤中心副指揮官為特種勤務任務編組副指揮官，總統府侍衛長也兼任副指揮官，看似總統維安勤務由國安局領銜擔綱，但從邱國正上任後的談話以及總統府的動作不難看出，侍衛室一旦出包，對雙方來說都是燙手山芋。
依法令規定，負責正、副總統維安的是國安局特勤中心，平常要負責人員招募、訓練及出勤，但因特勤中心人數不夠，軍方又編制了300人的憲兵警衛大隊支援，但特勤中心對這300人，除了出勤時分配工作外，沒有管理權限。
目前特勤編制各自為政，侍衛室負責總統府、官邸、總統出訪的維安，侍衛室全是軍人，從特勤中心挑選出來後，歸侍衛長管，特勤中心無權過問。國內行程才是特勤中心負責，而支援的軍、憲、警出任務時，歸侍衛室或特勤中心管理，沒任務時，支援單位自行管理，一個維安人員一次任務，可能由三個單位管理，一旦出事，各單位卸責，「三管」立刻變成「三不管」
