1945年，俞濟時轉任軍務局長，但是仍管理總統府及官邸警衛事宜，原侍衛室則改名為警衛室，直到1948年，中華民國第一任正副總統就職，依《憲法》將國民政府改制為總統府後，警衛室才又改制為侍衛室，第一任侍衛長為石祖德，但仍然受俞濟時指揮。
1969年，時任侍衛長的郝柏村奉當時國防部長蔣經國指示，擬定《特別警衛綱要》草案，提交國家安全會議通過，並以總統府參軍長名義正式頒行。隔年侍衛室就以任務編組方式，成立聯合特別警衛指揮部，並以侍衛長兼任指揮官，當時的基本原則「絕對萬全」「安全與親民」，仍為現在的侍衛室沿用。
1975年，聯合特別警衛指揮部改組為聯合警衛安全指揮部，改由國安局長兼任指揮官。1980年，因權力鬥爭，又再將侍衛長納編為副指揮官。1994年，聯合警衛安全指揮部再度更名為「特種勤務指揮中心」，並完成《特種勤務條例》立法。
1996年，《總統府組織法》修正，因為在國防軍事方面輔佐總統的上將參軍長，與參謀總長的功能重疊遭到廢除，才讓中將侍衛長成為總統身邊最親近的軍人，也因數十年疊床架屋的組織結構，形成現今混亂無章的特勤系統，難怪總統府會起心動念，要仿效美國成立祕勤局，以便統一管理。
