電影其中一個時空，由叢林間馬來西亞共產黨以菠蘿蜜遞出來的小孩，他由馬來人收養，最後又被生母要了回去，廖克發在其中處理了一點種族問題，不過坦言還沒到他滿意的地步，並且他認為，馬來西亞視馬共為惡魔，但他認為看馬共時不能是單一面向，裡頭也有母子，也有人性的一面。雖然有人一定會覺得，「馬來人怎麼會支持共產黨，領養馬共的小孩？」但做過田野調查的他，深知這是禁忌歷史的一部分。
「《菠蘿蜜》很重要的主題是離散，片子裡所有人都處於離散的狀態。」廖克發選擇了一種有趣的時間軸來拍攝這部電影，讓觀眾帶著夢境的漂浮感，切換在馬來西亞與台灣的時空，但手法又是紀實的。
他說：「影像就算不是完全紀實，還是要讓你相信它是實的，那個事情不一定是真實的，但情感必須是真實的。對我來說我很在乎，所以我才會先拍《不即不離》再拍《菠蘿蜜》。如果我不用去在乎這些馬共士兵的真實情感，我大可以去做很獵奇的，觀眾更容易看得懂的，熱帶雨林非常飽滿的片子，但我覺得我會對不起這些人。」
而他透露，《菠蘿蜜》最早的劇本是有鬼的，那鬼可以連結過去與現在。後來他覺得不需要創作鬼來讓故事合理，「對那些馬共士兵來說，當他們走進森林時，鬼就存在了，你不需要去合理化，我們馬來西亞人應該要有能力做到這件事情，我們看著森林時，應該要能看到其他的東西。」
片中馬共用菠蘿蜜傳出來的小孩被母親領回去後，母親對他很凶，這是來自廖克發祖母對他父親的態度，因為在那個年代，對小孩愈好是害了他，他的祖母對他父親傳達出來的態度是，「這個世界很殘忍，你爸爸就是被打死了。」
電影中另一個時空，吳念軒飾演一個從馬來西來到台灣念書的僑生，愛上了菲律賓籍非法移工。這是廖克發想送給台灣朋友的禮物，「台灣人在電影裡不是主角，就連吳念軒演的也是馬來西亞華人，滿好的，台灣電影可以有一部不是台灣華人當主角的電影，多元是這樣的。」
電影在知名剪接師廖慶松指導下改過方向，讓時空可以完美串接在一起，雖然一開始他與剪接師、也是他的妻子林婉玉都覺得不可思議，一開始不能接受，但他後來改過後就明白了，「情感邏輯勝過寫實邏輯，當中你少講了很多事，卻同時也多講了很多事。」
其他新導演入圍者的電影廖克發都看過了，讓他心情有點複雜，他說有些人把類型電影處理得很好，不過他電影有自己的風格，「片子是人的樣子，人長什麼樣子，你拍出來的電影就是什麼樣子，那才叫誠實。而我的《菠蘿蜜》跟《不即不離》就是我的樣子。」
