今年10月，台北醫學大學附設醫院爆發醫師誤將一名罹患子宮內膜癌婦人的胰臟，當成腫瘤切除的重大疏失，被罵到臭頭。在此之前，健保署今年4月發現不少醫院浮報健保費，金額逾3億元，而在7,000多件有問題的個案中，北醫就超過2,000件，占了1/4，最後北醫同意繳回1.2億元，創下健保不實申報吐回金額的最高紀錄，同屬北醫體系的雙和醫院，也全數退回違規所得。
同一時間，屬於北醫體系的萬芳醫院也爆發腫瘤科名醫吳思遠遭檢舉，向病患推薦高價的自費螺旋刀手術，事實上卻採廉價療程、涉嫌詐欺，檢調懷疑吳與手術設備代理商「承業生醫」配合拆帳，除了約談吳，也同步約談業者到案。
北醫醫學系校友會暨醫友會理事長出面指控，李身兼醫療設備代理商子公司的董事長、董事，卻沒利益迴避，董事會在他把持下，向李的相關公司買了12億元的質子治療機、租用高價螺旋刀，另外校內大樓的興建案、校外教室租用案等均弊端重重，形同掏空北醫。
針對校友會及部分醫師的指控，北醫校方表示，當年質子治療機的採購合作方案，均依相關流程辦理，君蔚樓公告造價是依政府的規定計算，但實際工程造價仍需依建築物實際發包施作的工程金額為主，大安校區目前都是合法使用的狀況。
