政府為統一海岸巡防事權及有效管理海域，於2000年1月28日成立二級部會「行政院海岸巡防署」，致力維護國家海洋權益，保障人民生命財產安全，歷經2018年4月28日組織調整，改為隸屬海洋委員會，20年來不畏艱難地扛起守護海疆重任。
在「海域治安」方面，海巡署在去年查獲史上規模最大毒品倉庫，查扣K他命等毒品近3公噸；面對「非洲豬瘟」疫情威脅，從去年8月起實施入港船舶百分之百安全檢查，及落實邊境防疫工作迄今，成功阻絕疫病入侵，讓大家能每天安心吃到滷肉飯。
為維護海洋權利及海洋資源，海巡署在去年10月首次查扣盜採砂石的大陸抽砂船、運砂船，並以《專屬經濟海域及大陸礁層法》移送，獲法院一審判決全數28人有罪確定，船隻、載運砂石全數沒收。
另外在「能量建設」方面，海巡署自2017年起積極推動「籌建海巡艦艇發展計畫」，籌購141艘海巡艦艇、20架無人飛行載具與10處紅外線熱影像系統，有效強化立體遠距監偵及執勤效能，未來將依任務所需，持續籌建各項海陸空能量。
海委會主委李仲威表示，海巡署20年來在大家努力下，不斷茁壯、成長，在五大核心工作上都交出亮麗成績單，這是所有海巡人的驕傲。海巡署長陳國恩則說，海巡機關成立迄今將邁入20年，全體同仁兢兢業業地努力，繳出亮眼、優異的工作成效，廣獲全民肯定與支持，這份榮耀與喜悅殊值得紀念。
