本刊調查，根據農委會4月1日公告實施的「遠洋漁船境外僱用外籍船員入境防疫措施」，遠洋漁船自台灣出港、返回我國港口後，無須原船檢疫的條件有二，一是航行過程「全程從未有」或「返港前30日以上未有」海上轉載、進入他國港口、併船交流、船員異動及接受公海登檢等五項情形，二是入境時，船員經體溫量測及發燒咳嗽等症狀，初判身體無異狀；換言之，只要曾停靠他港，該船舶一返港均需原船檢疫14天。
其中，30天的計算方式是以「船員登船日期」為基準，我國籍船員除受指派留船督導者外，其他我國籍船員可選擇返家辦理居家檢疫，亦即船員不論國籍，只要該船30天內曾停靠他國港口，都要原船或居家檢疫14天，敦睦艦隊回台後，檢疫措施標準卻自成一格。
據軍方表示，敦睦艦隊3月12日至15日曾靠岸停留我邦交國帛琉，15日離港後航行25天，本月9日返回高雄左營港口，全艦人員隔離5天後，本月14日上午解除管制，部分官兵已離艦，至15日結訓全員皆下船休假。為何僅隔離5天即返家？國防部軍政副部長張哲平解釋，靠泊台灣港口前30天內未停靠國外港口的船舶，所屬人員入境後可自主健康管理。
但一名參與防疫決策的官員表示，艦隊抵台是4月9日，但離開帛琉是3月15日，間距並未超過30天，一艘漁船若25天前曾停泊他國港口，難道也可比照在港口補滿30即可？遠洋漁船標準都如此，何況攸關我國國防、國安戰力的軍艦，難道更寬鬆？
此外，政府官員透露，敦睦艦隊的任務因隸屬國防軍事機密，出發前並未向指揮中心報告行程，另包括返台是否居家檢疫或隔離、天數怎麼計算，指揮中心也無相關規範或指引，直到軍艦返港前，國軍才主動聯絡指揮中心討論防疫措施。
對此，中央流行疫情指揮中心指揮官陳時中直言，會在調查完後，決定船舶入境相關規定是否還要再修正。
