2018年4月，《千年一問》開拍就面臨壓力，因「鄭問故宮大展」6月舉行，必須在此之前拍攝1、200幅原畫。王婉柔表示，「鄭老師原畫不是全平面的，很多是用很厚的顏料或塑膠袋、沙子等奇怪素材，所以我先挑這類要透過攝影機才能表現特色的畫。」拍攝前，王婉柔與韓允中去看原畫，「韓哥看完畫後說，『我想做到讓觀眾目不暇給』。」
「那次看鄭問原畫恍然大悟，原來一直以來漫畫的流行、改變、視覺的呈現，源頭都在眼前。但這個震撼要怎麼呈現？」韓允中表示，「拍攝時導演打破威權，營造一起創作的氛圍。」王婉柔補充，因為非常投入，大家都把自己跟鄭問之間的共鳴發揮出來，丟出各種點子、變出各種拍法。
由於時間有限，王婉柔與韓允中會先想拍攝方法，提早準備道具，事先溝通，到了現場如果激盪產生新的火花，再隨機應變。有時燈光組，也提供意想不到的妙招。
例如：將寶特瓶裝半瓶水，從背後打光，投射在鄭問與水有關的原畫，產生水波搖曳的光影，搭配鏡頭運動，增加魔幻感；或拿枕頭拍出灰塵，經由光束看到畫作裡的光點與空中飄動的微塵，相映成趣。還有一次燈光組靈機一動，從外面帶來兩根樹枝綁在推軌上，當軌道移動，畫作上樹枝的樹影也跟著遊走。
韓允中強調，拍攝過程中，導演王婉柔打破導演的威權體制，營造大家一起創作的氛圍，激發出彼此的動能，很多好東西就自然跑出來讓導演有更多選擇。由於拍攝時可以感受到鄭問創作時對視覺非常要求，所以不斷想方設法，透過鏡頭讓觀眾更為驚奇、滿足。
