國光客運台北西站原為A、B棟建物，均與北市府有土地使用契約至2017年4月10日，不過2016年因配合北市府「西區門戶計畫」拆遷，等同北市府將該契約終止，國光客運後來申請拆遷補償費、損害賠償費。卻遭當時北市府函文回覆，以土地使用契約終止為由，國光客運不得要求任何賠償。
國光客運後來提行政訴訟，台北高等行政法院日前判決市府敗訴，判B棟建物可請求3,228餘萬元補償金，而A棟建物因為「臨時」建物方式興建完成，本來就有使用年限，加上國光客運有與北市公運處簽立契結書，承諾屆時將配合北市府相關規劃，駁回此部分請求補償。
對於判決結果是否感到不公，柯文哲今（13）日回應，「這個判決不是什麼公平、不公平，法律判下來我們就要決定要不要上訴？若不上訴，要和解的話怎麼處理？市府內部會再進行討論。」不過柯文哲也坦言「當年那個契約不是我訂的」，並強調這一定還得交由專案來處理。
