906遊行訂於下午2點30分在九龍佐敦逸東酒店一帶集合，然後步行至旺角，但大批防暴警早在九龍多處部署，開始搜查可疑示威者。下午2點，前香港眾志秘書長黃之鋒抵達現場，除了呼籲港人記住遊行訴求，也要求北京釋放先前偷渡來台途中遭補的12名港人。
遊行開始後，示威者高喊「香港獨立！」「光復香港，時代革命！」永安百貨附近街口也有零星示威者聚集，港警也出動應對。據《中央社》報導，防暴警察採取了近似解放軍的穿插分割，從原先站在示威者兩端，彼此距離頗遠，但之後部分警察突然從馬路穿插到抗議人群中間，將他們分隔成幾個區塊，再逐一盤問或將人群趕至內街。被分散的示威者最後以小股形式向四周散去。
港警在油麻地、佐敦、旺角多處拉紅線攔查市民，據警方表示，在油麻地和旺角至少拘捕了90人，其中泛民主派政黨社會民主連線（社民連LSD）主席黃浩銘、副主梁國雄及多名成員原先抵達旋即被捕。
