內田英治接受本刊視訊專訪，他說：「剛開始進行田調時，大概是五年多前，比較少能接觸到跨性別者的相關議題，所以我就想說要直接跟他們見面。我覺得大家的態度其實不太一樣，有的人覺得整個社會算是進步了，也有人覺得落後，看法因人而異，在抓故事方向時讓我有些頭疼。」
內田在籌備期間不斷找人見面，想聆聽更多的故事，也跑去跨性別者工作的酒吧。《午夜天鵝》也請到跨性別藝人西原皐月擔任劇本指導，內田在田調過程中，印象最深刻的就是，西原告訴他「我想要成為母親」，成了貫穿全片的重要關鍵。「當母親是西原人生中較難實現的願望，但她真的很想要小孩。」
電影中凪沙為了成為女性，接受賀爾蒙治療，也進行性別重置手術（俗稱變性手術）。內田說明：「跨性別者可以手術改變性別，但無論生理或心理，都會承受很大的疼痛。我想透過電影告訴觀眾過程的痛苦。」他一度考慮安排開刀畫面，但為讓電影列為普通級、兒童也能觀賞，只好割捨。電影在台則被分為保護級。
