為釐清真相，檢警扣押鴻漁一號搜索、採證，並請專家判讀船上的衛星定位系統，結果發現航跡儀（GPS）留有3條航跡線譜，其中2條為案發前1天、案發當天，2次進出港的航跡，涵蓋福生三號火燒船現場、棉花嶼附近海域，且航跡有停滯、交錯現象，研判曾在該處逗留、接駁。
蕭瑞豪直覺余國明了解內情，於是調閱報關資料，發現余案發前3天，曾和另名陳姓漁民駕駛漁船「新合益十二號」，由八斗子出港，5月7日返港，與福生三號喋血案的時間重疊。
警方將余國明帶回偵訊，他否認涉案，但情資顯示，余受戴志明及男子楊國傳指示，以新台幣10萬元的代價，載運2名中國籍殺手，而其駕駛的新合益十二號漁船，就是由楊、戴2人租借。余到大陸平潭載運2名殺手至棉花嶼交給戴，事後再前往棉花嶼與戴駕駛的鴻漁一號會合，將2名殺手載回平潭。
此外，專案小組還發現，余國明除了接送2名中國籍殺手外，案發隔天還曾前往鴻漁一號暗艙，將321塊海洛因磚、2把做案用手槍，運至基隆山海觀社區，交由楊國傳藏放。
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