謝長廷日前稱「台灣三座核電廠廢水也是排放入海」，遭外界譏為「助日代表」，行政院原能會主委謝曉星也打臉指出，謝並非核能專家，不是專業，才會以一般民眾的認知說出這種話，強調台灣與日本的排放的核廢水是不一樣的；國民黨更直接舉報謝長廷散布假消息，要求相關單位嚴辦。
謝長廷不甘示弱，在臉書貼上證據表示台灣核電廠確實有排放含氚核廢水入海，並指出現在的技術很難將氚全數消除，所以可以推定氚是隨著廢水一起排放，「如果我說的不是事實，我願意去坐牢。」
對此，原能會輻射防護處長劉文熙表示，核能發電必定會產生放射性廢水，會先在廠內將放射性物質吸附處理，大部分的氚無法過濾掉，就會排放到廠外，但強調所有核電廠都要遵循國際規範的排放限量，在符合限量前提下可以排放入海，而日本排放的廢水是事故後大量排放，雖然在排放前會做一些處理，不過目前沒有看到相關計畫，就性質來源是不同的。
針對此番爭議，立法院外交及國防委員會計畫在29日請謝長廷返台報告「台日外交關係之發展與未來展望」，並備質詢，外交部次長田中光表示，這需要等立法院的正式通知，而依照規定立法院要找駐外代表回來，代表就有義務要回來，但現在回來需要遵守居家檢疫14天的防疫規範，或許可以利用視訊方式備詢，這是史無前例的，但若能克服技術問題，相信大家不會反對。
