周氏宗親認為，2000年宗祠從金華街與青田街口搬到東湖，宗祠若要出售，應該召開派下員大會表決，由出席者投票同意後才屬合法，相關的款項也應納入周元榮祭祀公業的帳戶，但上次開派下員大會遠在1989年，顯見售地案並沒有經過合法程序，所得款項至今流向不明，原本的百億土地只剩5,000餘萬元，為此，他們已向士林地檢署控告周光明涉及《刑法》背信罪。
除了背信官司，1996年周光明向大安區公所登記為周元榮祭祀公業管理人後，就有宗親提告質疑他的資格，這起管理人爭議一吵就是6年。一審士林地院判周光明敗訴，監察院也認為大安區公所辦理周光明的管理人登記有疏失，但後來官逆轉勝，2013年最高法院判決周光明勝訴確定。
但從周光明當選管理人後，周元榮祭祀公業名下的資產就一一遭到變賣，他先是被控1989年間，將原本位於台北市金華街的周氏宗祠變賣，得款17億餘元，但有宗親質疑不同意這項交易，周光明則告訴大家，賣金華街土地的錢，是為了要到內湖買土地興建更大的祠堂，2000年間，周光明也真的在內湖東湖捷運站附近五分街，蓋了500多坪的宗祠，相關爭議才暫平息。
然而，到了2015年11月，周氏宗親發現，士林地院公告要將周氏宗祠以11億餘元的底價拍賣，原本應是祭祀公業的宗祠，卻登記在周光明名下，因周光明有債務問題遭到法拍，當時的拍賣公告寫著「使用狀況不明」，周光明當時對外說，因無法登記在祭祀公業，因此以「借名登記」的方式登記在他名下，後來周氏宗親擋下這件法拍案，原以為可保住祖產，不料，最後土地還是被周光明賣給建設公司蓋豪宅。
周光明出任周元榮祭祀公業管理人後，也爆發受騙風波，宗親說，他在1993年間，與鄭姓男子以買賣方式交換桃園的土地，原本應過戶給周光明的土地，卻讓鄭男先拿去向銀行設定抵押，周光明因此被騙2億元，周光明提告後因事證不足，2018年黃男獲判無罪。
2010年周光明向另個祭祀公業仙媽公管理人陳盈達買地，又被騙了3,000萬元，周提告後，陳男遭判3年4個月。不管被騙或直接出售，百億的宗親祖產遭賣到剩下不到5,000萬元，幾乎已賣光，恐已是不爭的事實，相關紛擾最後只能仰賴司法追查清楚。
周光明的委任律師蘇隆惠指出，刑事背信案還在偵查中，還沒有結果，這案是是很長的過程，全案偵查中不便說明，至於百億資產被指控偷賣到剩5,000萬元，蘇隆惠律師表示，這牽涉到一個很長的過程，不是單純賣掉的問題，周元榮祭祀公業都有相關決議，現在不便解釋。
