去年8月，教育部剛查處輔英保健營養系碩士班學生畢業論文偏離專業、部分課程師資亦與系所專業不符，嚴重影響學生受教權益，違反「專科以上學校總量發展規模與資源條件標準」法規，裁處扣減招生名額總量50％。
教育部專案查核小組委員意見直白寫明，「碩士班現有休憩餐飲課程模組不符碩士班原定發展重點特色，該模組必選修課程規劃偏離原為營養疾病預防及保健食品科學所培育高等專業人才之目標」、「6篇遭檢舉的休憩餐飲模組碩士班學生的論文皆非由保健營養系專任教師擔任指導教授，論文內容也與全世界各學術機構的保健營養系碩士班論文內容相差甚遠，更非學術界所認知的跨領域研究」等，成了輔英醜聞。
輔英教職員直言「丟臉到全世界了」！資深輔英員工悲痛控訴，創辦人張鵬圖醫師獨資興學篳路藍縷，大半人生嚴管勤教奉獻教育，攜手前任張一蕃、許淑蓮校長，一步一腳印帶領輔英勇冠護校南霸天之盛名，昔有「北長庚中弘光南輔英」風光稱號。
不過，輔英員工卻感受，顧志遠到任真除輔英校長後漸漸式微，只注重美化「招生數據」「空間裝潢」，包裝製造「優良形象」「宣傳噱頭」，無視教育法規，犧牲的是輔英教學品質及學生素質，招來教育部對於損害學生受教權益的嚴斥與重懲。
輔英保營系碩士班被減招少了一半學生，收入當然也減少了一半，根本都入不敷出了，如何繼續辦學？顧志遠過去為中原大學專任教授並經歷多年教務長、研發長等重要行政職務，理應熟知教育法規，但顧志遠的校務經營方針卻是「為了輔英好，莫管法規不擇手段才是經營之道」、「為了輔英好，你吹哨就是輔英罪人」。教職員不滿抱怨，如果連違法濫權損害輔英都沒事，那人人都可成為坐領高薪的輔英校長。
顧志遠解釋，因為休憩系的內容也包含健康食品，和保健營養系有些類似，所以融合在一起招生，因為健康食品和綠色餐飲及保健營養有關連性。但教育部認為休憩系跟保健營養還是有些差別性，所以就依照教育部的要求，把這組去掉。
