《妖果小學堂》故事源於水果奶奶因迷路，無意間闖入妖怪世界，並與妖怪們一同展開冒險旅程。負責撰寫《臺灣妖果》遊戲腳本的哇哇科技產品經理姚筠潔表示，原創故事最吸引她的部分，「就是與台灣神怪傳說的結合。」例如動畫中的「白鹿爺爺」，是以邵族的「白鹿傳說」為元素。邵族因白鹿的引導，得以發現美麗的日月潭，定居於此；因此動畫中的白鹿爺爺擁有強大靈力、知識淵博，也會保護、呵護小妖。
另外像是姚筠潔最喜歡的「艾里」，部分形象來自魯凱族傳說的「艾里里安」，會詛咒觸犯禁忌的族人，讓他們發瘋而死；但也有部分元素是源自「百步蛇王」，並以孔雀造型登場。「雖然會參考民間傳說與妖怪故事，但也會將不同意象融合後，再創造一個全新角色。」
雖然遊戲早於動畫推出，並以原作衍生的番外故事為主，但哇哇科技執行長戴丞峰強調，遊玩《臺灣妖果》仍能對原作背景、角色有更多認識；屆時動畫上映，相信也能更投入在劇情中。他還透露，動畫已在規劃第二季，而遊戲內容也被納入參考、在劇情上做出一些微調，「這是對遊戲腳本的肯定，我們對此也感到相當開心。」
