本刊調查，促轉會揭露資料的方式，內部委員確實有不同意見，並向執政高層示警，指「無法釐清真相又缺乏公信力的調查，恐面臨高度道德風險，不只可能創造新的冤案，毀人名節其次，更是曲折公平正義。」
黨政高層坦言，促轉會最初的制度設計就不夠完備，委員會成立不久又發生「東廠事件」，重創社會信任，讓相關工作推行更坎坷，主委、委員人選也多次難產，黨內公認最有分量的黃煌雄、吳乃德等大老，也都未再參與實際運作。
「轉型正義最需要的是資源和時間，但我們最缺的正是資源和時間。」促轉會代理主委葉虹靈去年十一月在一場研究發表會上如此表示。知情人士說，促轉會全由學者專家組成，光要清查各營區的蔣介石銅像，跟國防部連個可以對話的「自己人」都沒有，只能靠公文往來，成效如何可想而知。
另以開放政治檔案工作為例，促轉會從國安局、警政署、調查局、海巡署、國防部等情治單位徵集到破萬案件、超過百萬頁檔案，但促轉會沒有政治輩分夠、政治手腕高的人，過程中若非依靠政院協助溝通，哪有可能順利？更遑論要加快徵集速度。
一位民進黨高層用「潘朵拉的盒子」來形容政治檔案解密工作，一旦盒子打開，裡面的東西就收不回來；但促轉會明年就將依法解散，相關工作該如何繼續推動？民進黨內目前有「讓促轉會再延一年」「把促轉會與黨產會、人權會合併為一個獨立的委員會」等不同意見，然而，轉型正義工作吃力不討好，促轉會未來何去何從？恐怕還有得吵。
