合議庭指出，馬英九不是中投、光華公司董事或經理人，沒有造成相關公司損害的問題，而檢方也無法證明張哲琛、汪海清觸犯證交法非常規交易罪，因此3人均無罪。
不過，北檢起訴時，早已料到這個破綻，特別針對此點說明，整理QA對照表提到，馬英九名義上雖非中投或光華公司董事或經理人，但他是中投及光華公司唯一股東國民黨的黨主席，具有交易黨產的關鍵地位。
北檢認為，馬英九在華夏、中視及中廣股權交易案，居於實際決策地位，指揮張哲琛及汪海清等人執行業務，實質擔任有價證券公司發行公司董事角色，與張汪二人更具有共犯關係。
更關鍵的是，北檢搜索時，扣到當時交易過程的錄音黨，身兼黨主席的馬英九明知買主中時董座余建新「阮囊羞澀」，仍執意完成交易，連他否認曾提過的「回饋說」也被清晰錄下，中投還想出「天龍八步」層層轉匯模式，企圖隱匿金流。
北檢詳查交易過程，起訴書全文達762頁、51萬餘字，詳述犯罪事實，並檢附全案卷宗3百餘宗、扣得文件資料246宗及錄音光碟數百片等事證，黨產涉及賤賣才被揭露。
全案6名被告，僅有國民黨前政策會執行長蔡正元被判3年6月，另有6月可易科罰金，沒收不法所得2億8032萬元。無罪被告除馬英九外，還有時任國民黨中央投資公司董事長張哲琛、前總經理汪海清、蔡的妻子洪菱霙、蔡的岳父洪信行也獲無罪。
雖然北檢未表明是否上訴，不過，全案是矚目大案，加上涉及重罪，依照實務做法，幾乎沒有不上訴空間，未來官司重點也將擺在黨主席是否具有處分黨產的關鍵地位，檢辯雙方勢力對此進行激烈攻防。
