今年4月底，民眾黨原本宣布公投立場「二好二壞」，呼籲支持者在護藻礁、反萊豬兩案投同意票；但對重啟核四、公投綁大選投反對票。不過，黨內10月底一份民調顯示，民眾黨多數黨員支持「四好」，即與國民黨立場相同，這讓黨內出現矛盾，深怕公投一案處理不慎反流失支持者。
民眾黨核心幕僚表示，對於公投，黨已定調，對外仍會宣稱自己「二好二壞」立場不變，但下鄉展開公投宣講時，只會聚焦在「二好」，也就是全力催出支持者對護藻礁、萊豬投下同意票，至於公投綁大選、重啟核四案，因黨內意見不一，「就連5個立委意見都不一致」，所以不會是宣講重點。
至於時代力量更因黨內要角對公投看法不一，分裂表態一觸即發。時代力量中央黨部本月4日宣布公投立場「三好一壞」，即同意反萊豬、護藻礁、公投綁大選三案，但反對重啟核四。不過本刊調查，黨內決策委員會當初討論公投態度時，有別於其他三案意見一致，護藻礁公投案陷入激烈爭論。
知情人士透露，黨主席陳椒華曾承諾，對於藻礁公投案，會等正反方替代方案完整出爐才決定黨的立場，未料決策委員會卻在民間替代方案未出爐下，就先對公投立場投票，令人難以接受。
為此，本刊掌握，黨籍立委邱顯智、王婉諭已準備成立有別於黨中央的派系辦公室，預計月底開始運作，成員納入過半數黨籍議員，被解讀是另立黨中央。知情人士透露，即將成立的派系辦公室將主張「二好一壞」，也就是同意公投綁大選、反萊豬，反對重啟核四，至於護藻礁則先保持開放，等正反雙方拿出更多資料再做決定。
