11月底，曾聲援藻礁保育的地球公民基金會，也建議對藻礁公投投下不同意票。「環團本來就是跟政府角力，爭取最大保育空間，但公投有投票時間、選項只有同不同意，在這樣的限制下，我們只能根據現階段的資訊來判斷。」執行長李根政說明，地面型光電面臨與農業、生態競合；另一邊台灣用電量不斷增加，產業轉型的路徑複雜，又涉及電價合理化，各種政策工具，很難立即啟動，在此同時，增加天然氣發電，能立即降低燃煤發電，減緩南部空汙，對一個長期關注空汙問題的組織而言，是短期能源方案的選擇。
「當然生態一定還是沒有風險最好…最終我們都要因為自己的選擇，面對歷史的檢驗，」李根政苦笑。
能源轉型路線及生態風險，本該在環評或聽證制度下釐清，但政府在2018年強過環評，又於公投前提出再外推方案，並非負責的政策溝通模式。「政府提出替代方案，說這個很好，我反而覺得，說的人是不是真的有在決策上負責，通過正當程序，做完應有的評估？聽的人也應該要謹慎。」東吳大學法律系副教授宮文祥直言。
此外，過往政府監督高用電產業力道不彰、全國性節能政策不足，是導致必須一再擴建電廠、增加接收站的原因之一。中山大學電機系教授盧展南即指出，台灣缺乏天然資源，就算增加發電機組，用盡調度、儲能手段，如果不妥善管理用電需求、提升能源使用效率，未來供電還是可能出問題。
「過去5年，節能是很大的政策漏洞，」趙家緯指出，蔡政府雖然喊出能源轉型，節能卻多只延用前朝政策，即使訂有提升能效的目標，但不僅標準寬鬆，也未揭露查核未達標的名單，讓社會及投資人無從監督。環境權保障基金會研究員林彥廷也說，台灣資源有限，用電量不該無限成長，就算真的要留下台積電，也該讓其他耗電產業轉型、或縮小規模。
綠色和平專案主任鄭楚忻批評，台灣能源價格長期偏低（註：台灣工業用電價格為全球倒數第6），導致業者缺乏節能誘因，2019年政府修訂用電大戶條款，原本希望強制產業使用一定比例綠電，卻在業者的遊說下不斷放寬門檻及上路期程，「排碳跟用電大戶，用了台灣一半的用電，是不是該負擔一半的綠電發展？」
曾文生並不否認，近年台灣用電成長，大部分來自半導體，但產業的擴張，也會是能源轉型的前期投資：「它們產業競爭力夠，也願意主動負擔再生能源，它們的需求，是改變能源結構、降低碳排放，非常非常重要的關鍵產業…像接下來離岸風電區塊開發，政府不再躉購，開發商還是躍躍欲試，就是因為半導體產業想要買這些電。」
公投日將近，藻礁方發起遊行，要到總統府前抗議；國民兩黨則各自動員催票、辦造勢晚會，自三接爭議折射出的能源轉型策略檢討，在政黨對決態勢下被淡化。採訪過程，受訪者皆言，這題沒有完美答案，無奈受限公投形式，只能在生態與減空汙、用電中擇一。公投之後，如何正視轉型爭議，讓台灣不需再於生態和經濟發展中抉擇，或許是比投下同不同意，更重要的問題。
