爆料人士說，綜觀2014年至前年，中科院36家得標廠商的董監事人員，居然與該院35名現職員工互為配偶或屬於一等親的親屬關係，其中3人擔任主管、審核及採購等重要職務，所涉利益衝突可能性高，進一步分析這些員工的進用情形，高達26人是該院7年前轉為行政法人後才獲聘用，其餘9人則在中科院仍為公務機關時期即已任用，顯見轉型後才出現較多得標廠商的利害關係人，成為防貪的一大破口。
這些與院內現職人員關係密切的廠商，搶得中科院的標案共631件、金額19.6億元，其中屬於中科院可洽廠商採購的小額案共431件、合約金額約5千萬元，小額採購案件數及金額占比分別為68％及2.5％，可見鉅額採購案仍占大宗，若涉及關係人交易，難免啟人疑竇。
知情人士說，中科院改制後，為提升組織用人彈性，各類約聘僱人員均由各用人單位自行辦理甄試，兼採書面審查、筆試、實作或口試等程序遴選任用，用人方式雖與一般民間企業大同小異，但中科院對我國防安全扮演重要的角色，任務重要性更勝一般行政機關或民間公司，即便中科院規範所屬各級正、副主官在其主管單位中，不得進用其配偶或三親等以內血親、姻親，但員工彼此間的親屬關係比例之高，顯見公信力仍不足。
此外，中科院也欠缺離職員工旋轉門機制，離譜的是，中科院近來離職人員中，有8人曾在院內負責設計開發零組件的研究或技術人員，其中7人離職2年內便創設與產製飛彈相關零件的新公司並擔任董監事，再回過頭來承攬院內採購案金額達4,500萬餘元，另位研究人員離職後更無縫接軌，轉任中科院得標廠商的董事，可見監督機制已失靈。
