李眉蓁攻讀中山大學大陸所（現已改名中國與亞太區域研究所）碩士在職專班的論文，先是被促轉會前副研究員吳佩蓉抓包，指李抄襲僑務委員會委員長童振源的文章達4頁多，後又被本刊揭露，她整本論文123頁的內容中，有高達96%的頁數，都抄襲自台北大學公共行政暨政策學系碩士生雷政儒在2000年7月出版的論文《兩岸經貿互動與台商投資之演變分析》。
此事對當時選情低迷的藍營無疑是雪上加霜，儘管李眉蓁公開道歉、坦言有瑕疵，甚至宣布要放棄碩士學位，都難以讓事件平息，最終在2020年8月的市長補選中，以24萬8,478票、得票率25.9%落敗，連原本預期的3成基本盤都拿不到。
雖說選舉已過，不只李眉蓁放棄學位，中山大學也在召開審定會後確認論文抄襲，正式發出公文撤銷她的學位並註銷證書，但涉及法律層面的問題尚未解決。
被抄襲論文的雷政儒委由律師向橋頭地檢署提出告訴，檢方近日偵結，起訴書中寫道，李眉蓁明知《兩岸經貿互動與台商投資之演變分析》是雷政儒的著作，雷享有著作財產權，卻在未經雷的同意或授權下，擅自抄襲、重製、改作，抄襲的段落包括摘要、研究動機、研究方法、結論等。
檢方認定李眉蓁的抄襲行為，已涉犯《著作權法》第91條，「擅自以重製方法侵害他人著作財產權」，今正式將她起訴，李眉蓁將面臨3年以下有期徒刑、拘役，或併科新台幣75萬元以下罰金的懲罰。
對此，李眉蓁低調表示，尊重司法，交由律師處理；由於年底即將迎來市議員選舉，此事可能也將影響到李眉蓁的提名資格，國民黨高雄市黨部僅透露，會在了解起訴內容後送請考紀會研議。
