交通部民航局規劃，4月1日至4月6日為航空疏運期，以離島航線為重點，各航空公司提供澎湖航線（不含澎湖-金門航線）742架次、70,436個座位數；金門航線486架次、56,404個座位數；馬祖航線188架次、12,800個座位數。航空公司將會持續注意訂位狀況，並視情況增班。
民航局提醒旅客，清明連假離島班機自2022年4月1日至4月3日台灣出發往離島方向，及2022年4月4日至4月6日離島出發回台灣方向機票都會加註「限當日當班次」「逾期作廢」等使用限制。若旅客因故無法搭乘原航班，須於起飛前通知航空公司取消訂位，至原開票處辦理退票。
金門縣府指出，配合防疫作業，各機場航廈採單一出入口，旅客須在入口處掃QR Code做簡訊實聯登記，測量體溫及手部消毒，旅客若有新冠肺炎（COVID-19）疑似症狀者不得登機，須搭乘防疫車輛前往醫院評估及採檢。
