根據指揮中心數據，全台的PCR採檢量能可達每日19萬件，近月本土確診人數飆升後，目前每日採檢量約10萬件，雖尚可應付，但許多民眾的就醫行為仍習慣直奔大型醫院採檢，導致醫院外常見長長排隊人龍，等著進行PCR篩檢，不僅增加第一線醫護人力負擔，排擠急重症病人的救治，更可能暴露在群聚感染的風險中。對此，指揮中心2日已宣布，無症狀者須快篩陽性後才可接受PCR採檢。
不過，早在中央宣布此措施前，台北、新北二個城市卻已搶先推出篩檢分流，雙北隱然在篩檢議題上「柯侯連線」，頗有向中央叫陣意味。
柯文哲宣布自4月30日起，北市7大PCR公費篩檢站將優先留給快篩陽性者，呼籲有症狀的人先快篩再就醫，雖未強制一般民眾不能去篩檢，但篩檢站將一般民眾及快篩陽性者分流，新闢綠色通道專供快篩陽性快速採檢。柯並批陳時中說，就算全國有近20萬的PCR檢測量能，但現在陽性率還在上升，「到時候要怎麼辦？」因此市府才會先宣布希望快篩陽性者再去做PCR。
新北市長侯友宜則在本月1日也搶先中央宣布，為減少公衛負擔，3日起，新北市社區篩檢站的現場PCR採檢僅限快篩陽性及有症狀者，其餘有需要的民眾必須上網預約登記。
