扁案爆發後，國務機要費案的同案被告馬永成、林德訓及陳鎮慧都曾被收押，一審馬永成及林德訓各被判20年及16年，陳鎮慧則因擔任汙點證人，獲判免刑，3人也都被扁案官司綁住失業多年，官司纏身至今的馬永成後來曾投身媒體界，林德訓則獲民進黨智庫聘用。
馬永成與林德訓在國務機要費案審理期間，一再強調是奉命行事，不可能質疑老闆（陳水扁）要他們做的事是違法的，6年前馬出庭時更向法官強調：「陳總統才是真正花錢的人，我一毛錢都沒拿。」他還感慨地說：「經過10年了，我與林德訓還困在這裡。」
林德訓也說，他和馬永成都不知道不實發票的事，因為「老闆、老闆娘」拿來報的發票，他們不敢也不會質疑，奉命行事卻因此受困在官司10多年。今年4月22日馬永成在高院出庭時說，國務機要費案用一句話就能解釋清楚，也就是「幕僚有沒有辦法控管、審核首長機密費怎麼用？」並強調他無權審核准駁扁要如何用機密費。
馬永成告訴法官，他讀大學時，陳鎮慧就已經在扁家工作，因為陳鎮慧記帳很仔細，所以一路被帶到總統府，有時辦公室同仁奉命行事有支出費用，就會由他在單據上簽名、交陳鎮慧報帳，以方便同仁拿回代墊款，「自己不可能明知不實仍簽字」。
林德訓也表示，他和馬永成當年都是依會計處作業規定核銷國務機要費，全案可檢討作業流程，但不該說他們涉及貪汙，他跟馬沒侵吞任何一塊錢，國務機要費就是有特別費性質。
