台北市政府被爆出有多名員工在上班時間使用PTT，還發政治文帶風向，內容包括支持柯文哲以及嘲諷批評柯市府的議員，被外界質疑北市府有「養網軍」的嫌疑；北市府調查後指出，相關發文都是個人行為，澄清市府沒有網軍。
北市議會13日召開財建委員會專案報告時，找來那些被踢爆匿名發文的市府公務員，其中苗博雅稱要讓公務員們行使自己的言論自由，要求交通局運輸資訊科林姓科長當眾念出自己在PTT嗆聲機車團體的留言。對此，柯文哲直呼「非常生氣」，認為不該對公務員訕笑羞辱，還稱公務員「不是你議員作秀的工具」。
苗博雅昨先回應，從直播畫面可以看到，根本沒有人在「訕笑」公務員，還說如果叫他們念自己的留言是羞辱，「當初被他們這些言詞羞辱的人，又應該做何感想？」
而在柯文哲表態後，黃珊珊、民眾黨也接連發文控訴苗博雅的做法，讓苗博雅今再度公開回應，「手握八萬公務員大軍的首都市長，竟然對在野議員，執行栽贓嫁禍的認知作戰。」
苗博雅自己也重看了當天的報告錄影，她強調整個報告過程沒有任何一個在場議員有「訕笑羞辱」公務員；而她質詢的對象都是「科長級以上官員」，所謂「欺壓基層公務員」的指責，她認為純屬胡說八道。苗博雅指出，她提出的證據市府都沒有查到，市府說調查完畢只是不想再查的藉口，且這次涉案公務員的處分，可以功過相抵，對於年終獎金、升遷、加薪，全都沒有影響，她質疑市府說的「已經懲處」根本是欺騙國人。另外，她要求林姓科長念的內容是他自己侮辱別人的言論，怎會變成他被侮辱？
苗博雅說，自己還握有更多公務員曾發表的不堪入目、入耳的內容，但她不想讓人難堪，所以沒公開、希望市府自己去查。對於柯文哲聲稱，「沒有保護公務員，沒資格做長官」，苗博雅則翻出柯過去羞辱公務員的爭議言論一一反擊，例如上週四（9日）柯文哲才在市議會嗆政風處長：「我沒有叫你講話」；去年7月，柯在廉政委員會批衛生局公務員：「每個人都哭哭啼啼的，有人說我生病了，精神壓力太大，我跟你講，那麼困難不要做好了，直接辭職回家，因為已經不適任了。」
此外，柯文哲也曾嗆衛福部次長石崇良稱要「砸病歷」，還曾在市長室會中把女性同仁罵哭，2015年還對時任內湖分局長嗆「你智商多少？」民眾黨內會議時，柯更公開酸立委賴香伶與其辦公室主任「誰家的狗，自己回去管好」。種種以上言論，讓苗博雅直言柯文哲侮辱公務員、侮辱部屬的黑歷史就有一大堆，竟還公開栽贓「議員訕笑羞辱公務員」，痛批「是非不分，顛倒黑白，莫此為甚。」
