「雖然知道是30週年紀念作，但製作過程並未特別去想這件事，還是照原本的步調進行。」橋本昌和在2020年11月接下《幽靈忍者珍風傳》導演，隔年初正式啟動製作，耗時約1年完成。由於是第5度執導該系列劇場版，工作流程已駕輕就熟，他自評最大的挑戰，「是如何讓大人、小孩，都能喜歡這部作品。」
橋本昌和分享，劇場版主題通常由製作人決定，有時以小新及好友組成的「春日部防衛隊」為主、有時是「宇宙人」，甚至還曾以寵物「小白」當主角。「這次製作人希望以『家庭』為核心，再找我與編劇一同討論，最後決定把漫畫中小新出生那天也融入故事，營造小新的身世之謎。」
「忍者」元素是30部劇場版中首見，「其實過去一直都有討論讓小新當忍者，但都沒有較契合的主題。直到這次，想說如果小新誕生的醫院內同時有忍者出生，不知道會發生什麼事？」加上小新個性設定是自由奔放，橋本昌和認為與硬派、重情義的忍者形象構成反差，兩者結合不但讓故事變有趣，也更能凸顯小新魅力。
