白喬茵指控陳吉仲在2012年執行經費125萬的「我國環境友善農業經營直接給付之研究」報告內容，涉嫌抄襲2007年台大農經系教授林國慶的「全民造林政策之執行成果與政策分析」研究與2008年「提升農民平地造林所得之探討計畫」，質疑是「整段抄、逐字抄、標點符號也抄」。
被點名出來打球，陳吉仲也提出證據「直球對決」，以iThenticate®比對系統將2篇研究報告設定相同的條件比對，呈現重複比例僅為3％，「這與張善政先生擔任計畫主持人的研究報告重複比例有5篇超過45％，另有一篇25％以上，是完全不同的」。
陳吉仲指出，此次被指控重複圖表，是政府公開地造林成果面積數據，圖表也是根據政府數據製作長條圖，而後面參考文獻也有確實引用林務局的「平地景觀造林及綠美化計畫」。他透露，這個研究團隊的研究人員，同時參與兩項計畫的撰寫。報告也都是研究人員自己的研究及整理。這與直接從他人的報告內容複製貼上的情況，截然不同。
陳吉仲表示，他投身學術幾十年，發表過60、70篇國內外期刊論文，對於自己的期刊論文向來要求謹慎。「對於外界的檢視，我坦蕩蕩面對也會充分說明，我對我們的研究負責，不會退卻於似是而非的操作」。
