不過，林妍余最近卻爆出與高顏值反差的暴力行為。她任職的中醫診所內部人員A小姐透露，林去年6月至診所兼職，平均1週有3診，起初都很正常，到職半年後、去年12月，診所與她簽立專任合約，林也成了診所的正職醫師。
沒想到簽完專任約才1個月，今年1月開始，林妍余的行為變得脫序，不但常常遲到，還會在病患面前飆罵護理師，甚至多次對同仁施暴。Ａ小姐說：「診所高層聽到消息，認為可能只是雙方對於肢體接觸的感受不同，一開始選擇相信林醫師，只有口頭警告，但不久後，她竟然又對同仁動手！」
A小姐指出，當天林妍余看完診後，不知為何情緒失控，突然對1名李姓女同仁勒頸，導致李頸部受傷紅腫，也因氣管突然受到壓迫，呼吸困難，不斷大口呼吸、咳嗽，林施暴後隨即離去，無故被攻擊的李嚥不下這口氣，隨即到醫院驗傷，並前往警局報案，控告林傷害。
診所事後得知同仁被林妍余毆打成傷，認為事態嚴重，立刻約談林，但她當下情緒失控，不認為自己有錯，雙方溝通沒有取得共識，診所擔心還會有其他同仁受害，決定解雇她，並當場簽署終止合約。
原以為事情就此落幕，不料，林妍余事後卻在臉書上傳與診所終止合約時的片段影片，並以「台北真的有很多不善良的老闆」為題，痛罵：「院長用這個（指解雇）迎接我回國！」A小姐告訴本刊，診所一開始想息事寧人，但看到她在網路上汙衊診所，擔心影響聲譽，先發律師函警告，要求她3天內撤文，但林無動於衷，診所決定對她提告。
診所怒批林妍余「恃寵而驕」，指她長期對同仁惡言相向、經常性遲到、多次對同仁施暴，還利用網紅身分與知名度顛倒是非、抹黑診所，控告她妨害名譽。
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