沒想到促轉會經二度延長運作，今年五月即將結束運作解編，卻連一件像樣的轉型正義案件都未呈現給國人，反而調查一些監控案件，讓人有加害者都沒事、只懲罰受害者的感覺。
更離譜的是，威權時期時兩蔣總統、情治首長等軍政首腦涉及的近萬件白色恐怖時期等案件，以及逾百名黨政高官都沒查，把爛攤子全丟給行政院各部會接手續查，解散前夕還提案修法擴編任務，增加一堆工作項目，包括追查行政不法、平反被害人聲譽、財產遭扣押或修法賦予調查權及成立基金會等，搞得各部會人仰馬翻。
依照促轉會界定的威權時期調查範圍，自1949年台灣宣布戒嚴起至1987年7月解除戒嚴為止，期間的白色恐怖政治案件，依照促轉會歸類可分為政治案件的偵辦與軍事審判二大部分，案件偵辦主要由國安局負起指揮與督導責任，第一線的機關還包括國防部保密局、國防部總政治作戰部、憲兵司令部、台灣警備總司令部、台灣省警務處、內政部警政署及法務部調查局等情治系統。
當政治案件進入軍事審判流程後，主要經手的軍政長官包括總統、總統府祕書長、參軍長，和國防部的國防部長、參謀總長、軍法局局長、台灣警備總司令部總司令、軍法處處長，亦即包含蔣介石、嚴家淦、蔣經國三任總統，情治機關首長周至柔、鄭介民、彭孟緝、毛人鳳、汪希苓、汪敬煦、沈之岳等上百人均入列，不過，至今均未見促轉會公布調查結果，如今還甩鍋給其他部會承接。
促轉會臨走前修法擴大業務範圍，要求內政部、法務部、文化部、衛福部、教育部及國發會等6個部會接下海量工作，這些任務分為追求歷史真相、平復歷史傷痕及反省歷史記憶三大類別。
其中，任務最艱鉅的平復國家不法任務全轉交法務部，要對加害者追究責任並賠償被害人與其家屬名譽及權利損害，以及還原公布歷史真相。此外，對於檢察官或軍事檢察官在刑事追訴過程所進行的拘束人身自由或財產處分，也適用相關規定，甚至須制定專法懲治加害者。
對於促轉會即將解編卻留下近萬件案件未查，且提案修法擴編任務再移交給其他行政部門，促轉會表示，近萬件平復國家不法案件將交由法務部接手，案件量可能會再增加，由於《促轉條例》當初就是一個框架立法，由促轉會負責規劃任務。
這4年來，促轉會分組分別執行任務，如今將經驗轉化成草案或政策的建議，例如對於受難者的財產返還或政治檔案修法，都是依照《促轉條例》的要求做到現階段，未來台灣的轉型正義會進到第二階段，這也是立法者所規劃的目標，促轉會一直依循這個方向去做。
民進黨立委江永昌則表示，促轉會顯然「沒能量、也沒分量」處理好促轉工作，也無法好好與其他部會交涉，所以目前沒看到什麼成績、也只能做到這樣的成績。此外，現在促轉會處理的多是司法不法、權利回復的案件，有關行政不法的案件都還沒碰觸或判定，未來那麼多案子都要交給各部會來處理，相當衝突、矛盾，要如何維持客觀、獨立又有效率？
