國民黨北市議員參選人林杏兒、南投縣長參選人許淑華、南投縣議長何勝豐、基隆市長參選人謝國樑等人陸續遭指論文涉嫌抄襲，桃園市長參選人張善政則是被爆出研究計畫抄襲國外期刊與網站，昨民進黨立法院黨團在記者會上指出，林耕仁過去以新竹市議員的職權向市政府調閱資料，大幅剪貼政府報告，54頁論文中31頁有複製貼上痕跡，並以此拿到交大碩士學位。
民進黨新竹市議員劉康彥表示，林耕仁論文中的分析寫作也都是複製貼上政府報告內容，不僅數字抄襲，分析也是複製貼上，稱得上自己寫作的只有短短幾頁。劉康彥已於昨下午前往陽明交大新竹光復校區，具名檢舉林耕仁論文涉嫌抄襲。
對此，民進黨、民眾黨新竹市長參選人沈慧虹、高虹安也表態，沈慧虹呼籲林耕仁應對爭議說明清楚，希望他用對待別人的同等標準來要求自己；高虹安也說，她花了時間來看林耕仁的論文，「確實也發現到有一些不尋常的地方」，指出其論文引述的比例太高，有些地方沒有做到加註，很可能有抄襲的疑慮。
面對指控，林耕仁反擊表示，繼謝國樑、張善政被潑髒水後，現在又對他交大管理碩士論文發動攻擊，直指是民進黨慣用套路，用潑髒水轉移焦點、拯救沈慧虹低迷選情。林耕仁坦言，自己確實有疏漏引註，這是他的失誤、會虛心檢討，但對毀滅人格的不實指控，他不會屈服。
在遭爆料後他主動備妥相關文件資料，送交陽明交大學倫會辦公室。他強調自己一切坦蕩、沒有抄襲，引述的都是政府公開資料，希望校方秉持公正客觀標準還他公道。
據報，陽明交大回應表示，在接獲檢舉後將依規定啟動相關處理程序，由形式要件審查小組確認是否成立檢舉案，成立後會交由學院籌組專業學術領域調查小組，負責案件內容釐清及處置建議；調查時間約為接獲檢舉次日起120天內會有具體結論，期間校方不主動對外說明細節。
