中選會以於法無據為由，未針對確診COVID-19民眾規劃額外的投票配套措施，也因此有人擔心若正在居隔的確診者為了投票而偷偷外出，可能反而造成病毒傳播的風險。
今有媒體報導指出，全國各地選委會針對1126投票日的防疫做法不一，為了預防確診者投票，有些地方提供投票所確診隔離者的名單，避免確診者領票、投票，有些地方因個資隱私，採檢舉查證的方式來進行。
對此，中選會發布新聞稿回應，強調全國各地選務做法仍屬一致，1126投票的相關規定，「均應依傳染病防治法及公職選罷法等規定辦理；如違反傳染病防治法之規定者，則由衛生主管機關依法處理。」對於媒體報導特定縣市採取不同作法，中選會也會再去了解，並請各地選務做法一致，同時也說目前並沒有掌握確診名單的規劃，或是有向當地衛生局取得相關資訊的規定。
中選會主委李進勇今前往嘉義選委會視察，被問及確診者投票的問題，他表示中選會每次選舉都有制定選務防疫計畫，經過中央疫情指揮中心和縣市政府備查，已有一致作業模式。儘管目前防疫措施逐漸鬆綁，中選會仍給予尊重，1126投票日仍會採取高標準的防疫，保護民眾的健康，但今年的選務防疫計畫並沒有規定要提供確診者名單，確有違反傳染病防治法或選罷法的情況，各機關還是會去處理。
因應候選人可能確診的情況，今年中選會也首度安排讓確診的候選人透過視訊的方式參加政見發表會，嘉義市選委會也和合作的電視公司有很好的安排，技術上的小問題會給予協助，若有候選人確診也要立刻聯繫選委會；至於嘉義市因市長候選人病逝而重行選舉，市長投票日延後至12月18日，可能對投票率產生影響，李進勇則表示，選務機關會加強宣導的力道，呼籲公民珍惜手中的一票。
