不少人可能以為暖暖包用完沒什麼功能就能隨便丟棄，或者不小心把暖暖包內容物弄破，卻不知道若不妥善處理，恐怕會造成環境汙染，對此，環保署去年年初就曾公告，「使用後暖暖包請交由清潔隊垃圾車妥善處理」。
事實上，市售暖暖包主要成分包含鐵粉、活性碳、鹽以及吸水性樹脂等，屬於複合性材質，目前尚未有技術可以將這些材質回收二度使用，因此若填補土坑或任意棄置的話，恐怕有環境污染之風險，最好的處理方式就是包好交由垃圾車送到焚化爐處理。
另外，環保署也特別指出，暖暖包使用過後有2大功能可使用，因暖暖包內容物含有活性碳，因此具有「除臭、防潮」的2大功能，可放在衣櫃、鞋櫃等地方使用，但要注意再三確認暖暖包不再發熱，才能二度使用，以免造成危險。
